加藤レディスクリニック
日本の不妊治療分野をけん引してきたクリニックです。特にここで開発されたガラス化凍結法は、胚の生存率が極めて高く、この技術なしに現状の体外受精は実施できません。
加藤レディスクリニックの特徴は「からだの負担を少なく」を念頭に置いた『自然周期・低周期採卵』です。確保できる卵子は少数なので、それを良しとするかが、ここを選ぶ基準になると思われます。
リプロダクションクリニック東京
保険診療をしていないため、高齢または他のクリニックで妊娠できなかった場合の駆け込み寺です。高額な治療費と引き換えに最先端の治療を受けられます。
新技術の開発も行っており、特に卵子の膜が弱い部分を見分ける機器を開発したりと、基礎研究よりも臨床で役立つ研究に力を入れているイメージです。
浅田レディースクリニック
オーダーメイドな治療で過程より結果（妊娠）を重視するクリニックです。特に多嚢胞性卵巣（PCOS）に対する知見が深く、成熟卵の獲得率が高いようです。
浅田先生をリスペクトしている医師や胚培養士は結構多いです。
オーク会銀座レディースクリニック
比較的早い段階から社会的適応による卵子凍結を導入し、日本で初めて凍結卵子による妊娠・出産事例を報告しました。
その他
他にも英ウィメンズクリニックや京野アートクリニック高輪など都内には有名で評判の良い施設が多いです。
まずは自然周期で1個の卵子を確保したいのか複数の卵子を確保したいのか、保険診療か自費診療か、その辺りで施設を選んでいけば間違いないと思います。